Budova stojí v areálu bývalého klášterního komplexu Kongregace Milosrdných sester svatého Karla Boromejského, v němž stál rovněž kostel a sirotčinec. Vstup je z ulice Karla IV. Jedná se o jednolodní stavbu s jednou malou věží, sakristií a kruchtou, oltář byl umístěn v jižní části budovy. Stavba byla navržena v beuronském stylu benediktinem Gislenem Béthunem a její stěny i strop zdobí bohaté především rostlinné a geometrické motivy. Nad vstupními dveřmi je umístěna vitráž s rukou Boží. Zádveří, kde se mimo jiné nalézá dodatečně vestavěná toaleta, je v západní části vyzdobeno malbou zobrazující Chrám v Jeruzalémě, po jejíchž stranách lze najít popisky očíslovaných míst. Východní stěna zobrazuje Getsemanskou zahradu a Olivovou horu. Dveře vedoucí do hlavního sálu jsou zdobeny barevnými kříži. U východní zdi objektu stojí socha sv. Jana Nepomuckého, kterou zhotovil českobudějovický sochař Leopold Huber ve druhé polovině 18. století.