Nejstarší bezpečná písemná zmínka o Zlivi pochází z roku 1409. Zliv byla poddanskou vesnicí hlubocké panství  a s ním „sdílela“ vlastníky (panovník, Rožmberkové, Pernštejnové). Po dalších změnách majitelů a poddanské vzpouře na Blatech po roce 1570 na panství těžce dolehl i počátek třicetileté války, v jejímž průběhu byly vesnice v této oblasti téměř zničeny. Kostel sv. Václava byl vystavený v novogotickém stylu. Městu Zliv je často přezdíváno Mrkvanov (jeho obyvatelům pak Mrkvané nebo Mrkvani) v souvislosti s historkou o omylem vysázené mrkvi před zlivským kostelem.