Rozsáhlý soubor budov klášterního komplexu minoritů se rozprostírá na mírných svazích severního meandru řeky Vltavy při východní straně Latránu. Byl založen v polovině 14. století držiteli jihočeského panství Rožmberky.

Rozsáhlý soubor tří klášterů: minoritů, klarisek a laických žen byl založen pány z Rožmberka v polovině 14. století. Klášter založila v roce 1350 vdova Kateřina a její synové. Unikátním dokladem o fungování a liturgickém provozu ženského kláštera klarisek svědčí několik původních otvorů směřujících do lodi klášterního kostela. Byly zazděny při zaklenutí kostela v roce 1649. Na jih od klášterního kostela se nachází klášter minoritů. Skládá se z rozloženého ambitu o velikosti 8×5 klenebních polí s východně navazující kaplí sv. Wolfganga, která byla kapitulní síní kláštera. Podobná dispozice menšího ambitu o velikosti 6×4 klenebních polí, k jehož jižnímu rameni se váže patrová budova se opakuje dále jihovýchodně od minoritského konventu. Dle historických souvislostí je zde vyslovena hypotéza o dvoře Anny z Rožmberka, který v roce 1375 odkázala pro potřeby zbožných žen.

Celý klášterní areál byl založen v polovině 14. století. Obytné a sakrální prostory byly postaveny jako první. Původní stropy byly rovné trámové, klenby v konventech vznikly později. V první fázi byla zaklenuta kaple sv. Wolfganga a snad presbytář kostela. Do poslední třetiny 14. století lze zařadit i základní stavební fázi domu bekyň (portály v suterénu). Další stavební etapa probíhala na konci husitských válek, kdy byl zbudován krov kostela, zvýšeny boční stěny. Pozdně gotické období bylo završeno zbudováním síťové klenby velkého ambitu, novým zaklenutím kaple sv. Wolfganga. V té době byly druhotně osazeny sedlové portály ve sklepích obou konventů a v ambitech. Z renesančních a mynýristických úprav se dochovaly trámové malované stropy v domě bekyň. Počátkem 17. století byla dostavěna věž, ve 2. polovině 16. století byla provedena sgrafitová výzdoba fasády. V barokním období byly zaklenuty mnišské cely. Kostel byl rozšířen a zaklenut, hrotitá okna nad dvoulodní části ambitu byla zazděna a zbudována zde kaple sv. Bartoloměje. Rozsáhlé stavební úpravy byly ukončeny ve 20. letech 18. století podkrovní vestavbou cel minoritského konventu, rovněž byla upravována klášterní zahrada a při ohradní zdi vystavěn nový altán. Ve druhé polovině 70. let 18. století bylo o patro zvýšeno západní křídlo minoritského ambitu a kaple sv. Bartoloměje byla spojena s obytnou částí konventu. V roce 1822 byla v domě bekyň při západním průčelí zřízena chodby na čtyřech pilířích, v roce 1893 byla v kostele položena nová teracová podlaha, která překryla náhrobky a vstupy do krypt. Poslední výraznou stavební opravou je obnova ve 30. letech 20. století a oprava fasád.