Katedrála sv. Mikuláše byla původně farním kostelem pro královské město postaven krátce po roce 1265. Vedle kostela se nacházel městský hřbitov, funkční od založení města až do roku 1874, kdy byl zrušen. V letech 1518 až 1535 proběhla pozdně gotická přestavba kostela, ale protože v roce 1551 došlo ke zřícení, byl kostel opětovně přestavěn se zachováním presbytáře. V roce 1549 bylo započato se stavbou Černé věže, která sloužila později jako zvonice a strážní věž. V roce 1641 kostel shořel a byl znovu postaven, ale už v barokní podobě italskými staviteli J. Cipriani a F. Canevalle. Když došlo v roce 1785 k založení nové diecéze se sídlem v Českých Budějovicích, byl tento farní kostel povýšen na katedrálu.