Jedná se o klášterní kapli kongregace Školských sester de Notre Dame, která byla koncem 16 století založena ve Francii. Česká větev vznikla v roce 1853. Sestry, které se věnují výchově a vzdělávání dívčí mládeže, otevřely v roce 1871 dívčí obecnou školu v Českých Budějovicích, právě v předmětném komplexu, jehož součástí je kaple sv. Josefa. Ta byla vysvěcena biskupem Martinem Říhou již 26. 6. 1886. Po nacistické okupaci a komunistické diktatuře se sestry opět do Českých Budějovic vrátili v roce 1991. Kaple byla v dezolátním stavu a po generální rekonstrukci roku 1994 dle projektu architekta Františka Petrlíka vznikla zcela nová podoba kaple. Z původní kaple bylo použitelné pouze stropní obraz Panny Marie. Novodobé vitráže a křížová cesta jsou z dílny Bedřišky Znojemské.