Ves Srnín vznikla v rámci kolonizační činnosti Zlatokorunského kláštera. Název vsi se vyskytuje v písemných pramenech ve formě Srnyn, Sermin nebo Srnin a je odvozen ze jména Srna, Srnův Dvůr. První písemná zmínka o vsi Srnín pochází z roku 1400. V roce 1440 je Srnín uveden jako součást rájovské rychty v rámci zlatokorunského panství. Ves Srnín patřila od nejstarších dob do černické farnosti a obyvatelé Srnína proto chodili do kostela sv. Máří Magdaleny v Černici. V roce 1676 se ve výkazu černické fary uvádí, že ve vsi Srnín žilo 64 duší. V důsledku vývoje kláštera po husitských válkách zbyly klášteru okolo poloviny 16. století z původních 13 rychter pouze 2 – černická a rájovská, jejíž součástí byla ves Srnín. Srnín byl v přímém vlastnictví kláštera až do jeho zrušení v roce 1785, kdy se ves stala součástí českokrumlovského panství. Po zrušení vrchnostenské správy v roce 1848 byl Srnín začleněn jako osada pod obec Přísečná. V roce 1931 získala obec svou první samostatnost. Proces slučování a rozdělování se ještě několikrát opakoval a k 1.8. 1990 byla znovu obnovena samostatná obec Srnín. V roce 1903 byla postavena kaplička na návsi.